Cụ thể, các cơ quan đầu mối để thực hiện các Chương của Hiệp định EVFTA gồm: Bộ Công Thương chủ trì thực hiện các chương 1, 3, 7, 10,11, 17; Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) thực hiện chương 4 về Hải quan và thuận lợi hóa thương mại; Bộ Kế hoạch và Đầu tư thực hiện chương 9-Mua sắm Chính phủ; Bộ Tư pháp và Bộ Công Thương thực hiện chương 15 về Giải quyết tranh chấp;…
Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan-Bộ Tài chính là cơ quan đầu mối thực hiện Chương 4 về đầu mối giải pháp thông tin liên quan đến Hảo quan và Thuận lợi hóa thương mại; Văn phòng SPS Việt Nam thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn là đầu mối trao đổi thông tin về mọi vấn đề liên quan đến Các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật;…
Ngoài ra, Bộ Công Thương chủ trì, phối hợp với các Bộ ngành liên quan thực hiện điều phối, tổng hợp tình hình thực thi Hiệp định của các Bộ, ngành, cơ quan có liên quan và báo cáo Thủ tướng Chính phủ; đồng thời là cơ quan đầu mối xử lý các vấn đề liên quan đến việc đàm phán, kết nạp thành viên mới; đầu mối về thông tin liên lạc với các nước EVFTA về mọi vấn đề của Hiệp định.
Quyết định có hiệu lực kể từ ngày 04/8/2020.