- Có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong quá trình thanh tra;
- Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra;
- Nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với chứng cứ thu thập trong quá trình thanh tra;
- Người ra quyết định thanh tra, trưởng đoàn thanh tra, thành viên đoàn thanh tra, công chức được giao nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật;
- Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của người nộp thuế chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra.
Thời hiệu thanh tra lại là một năm tính từ ngày ký kết luận thanh tra.
Quyết định 1404/QĐ-TCT thay thế Quyết định 74/QĐ-TCT, Quyết định 1895/QĐ-TCT và Quyết định 1116/QĐ-TCT năm 2014.