Theo đó, Phó thủ tướng yêu cầu các Bộ, ngành, địa phương và cơ quan liên quan có trách nhiệm phối hợp chặt chẽ với Bộ Giao thông vận tải, khẩn trương gửi ý kiến tham gia theo đề nghị của Bộ Giao thông vận tải theo quy định.
Trên cơ sở ý kiến bằng văn bản của các bộ, ngành và địa phương, ý kiến phát biểu của các đại biểu dự họp, Bộ Giao thông vận tải khẩn trương rà soát, tiếp thu, giải trình đầy đủ ý kiến liên quan để hoàn thiện Hồ sơ điều chỉnh Quy hoạch theo đúng quy trình, thủ tục và quy định của pháp luật về quy hoạch, trong đó lưu ý: các nội dung điều chỉnh, bổ sung phải được giải trình đầy đủ về cơ sở chính trị, pháp lý, khoa học, yêu cầu thực tế và đánh giá tác động cả về hiệu quả kinh tế và môi trường theo quy định; những khái niệm mới chưa có trong văn bản quy phạm pháp luật ("cảng thông minh", "cảng xanh"...) phải được làm rõ khái niệm, nội hàm rõ ràng, khoa học và khả thi.
Đồng thời, Phó thủ tướng cũng yêu cầu Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh khẩn trương hoàn thiện Đề án nghiên cứu xây dựng Cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ (Đề án) theo quy định và theo chỉ đạo của Lãnh đạo Chính phủ tại các văn bản của Văn phòng Chính phủ: số 305/TB-VPCP ngày 02 tháng 8 năm 2023, số 7320/VPCP-CN ngày 23 tháng 9 năm 2023, số 52/TB-VPCP ngày 13 tháng 02 năm 2024, trong đó lưu ý đánh giá rõ, cụ thể về: tính khả thi, hiệu quả kinh tế, tác động toàn diện các yếu tố về môi trường, hệ sinh thái, yêu cầu bảo đảm về quốc phòng, an ninh trong mối liên hệ với các quy hoạch của Thành phố Hồ Chí Minh, quy hoạch vùng và các quy hoạch khác có liên quan; tính khả thi và hiệu quả kinh tế trong mối quan hệ với cảng biển Bà Rịa - Vũng Tàu, khu bến Cái Mép - Thị Vải; Trên cơ sở đó, xác định, báo cáo rõ sản phẩm đầu ra của Đề án (quyết định bổ sung Quy hoạch bến cảng biển; cơ chế chính sách đặc thù đối với dự án đầu tư kinh doanh bến cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ;...), theo đó chỉ báo cáo, trình Thủ tướng Chính phủ những nội dung vượt thẩm quyền.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư theo chức năng nhiệm vụ được giao chủ động, phối hợp chặt chẽ và có văn bản hướng dẫn Bộ Giao thông vận tải về trình tự, thủ tục, Hồ sơ điều chỉnh Quy hoạch, trong đó lưu ý sự cần thiết thành lập Hội đồng thẩm định để tiến hành thẩm định điều chỉnh Quy hoạch đảm bảo chặt chẽ, khoa học, phù hợp với Luật Quy hoạch và Nghị quyết 61/2022/QH15 của Quốc hội.