1 – Xử lý các hóa đơn bán hàng hóa là nông, lâm, thủy hải sản mới qua sơ chế thông thường hoặc chưa qua chế biến đã ghi thuế suất 5%.
Trường hợp người bán là DN, hợp tác xã đã lập hóa đơn GTGT, ghi thuế GTGT khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho DN, hợp tác xã khác thì người bán và người mua phải điều chỉnh hóa đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trường hợp người bán đã xuất nhiều hóa đơn GTGT cho cùng một (01) người mua thì khi điều chỉnh, người bán được xuất 01 hóa đơn điều chỉnh kèm theo Bảng kê các hóa đơn điều chỉnh.
2 – Thuế GTGT khâu NK của hàng XK của DN bị trả về.
Trường hợp DN XK hàng nhưng bị phía nước ngoài trả về thì khi NK lại Việt Nam DN thực hiện kê khai nộp thuế GTGT như hàng hóa NK từ nước ngoài. DN được khấu trừ thuế GTGT căn cứ chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu NK theo quy định.
Tuy nhiên, ngày 28/5/2014 VASEP có công văn số 101/2014/CV-VASEP gửi Tổng cục Thuế để kiến nghị về nội dung này. Cụ thể, theo báo cáo, phân tích và kiến nghị của VASEP tại CV 75/2014/CV-VASEP, các DN thủy sản & Hiệp hội kiến nghị đưa đối tượng “hàng XK của DN trả về (hay gọi là “tái nhập hàng trả lại”) vào đối tượng không chịu thuế GTGT và thuộc nhóm “hàng tạm nhập tái xuất, hàng tạm xuất tái nhập” của Điều 4, TT 129. Nội dung này cũng được Hiệp hội tổng hợp gửi cho VCCI chuẩn bị cho “Hội nghị Thủ tướng với Doanh nghiệp” ngày 28/4/2014, và đã được Bộ Tài chính trả lời bằng Văn bản tại Hội nghị (trang 4) là: nhất trí với kiến nghị này và sẽ có văn bản hướng dẫn để thực hiện thống nhất đối với các DN. Vì vậy, VASEP kính đề nghị Tổng cục Thuế xem xét để thống nhất và tháo gỡ khó khăn cho DN theo kiến nghị của VASEP và ý kiến nhất trí kể trên của Bộ Tài chính.
3 – Khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi bán sản phẩm là nông, lâm, thủy hải sản mới qua sơ chế, chưa qua sơ chế.
Từ ngày 01/01/2014, trường hợp DN, hợp tác xã bán sản phẩm là nông, lâm, thủy hải sản mới qua sơ chế thông thường hoặc chưa qua chế biến thành sản phẩm khác cho DN, hợp tác khác thì không phải kê khai, tính và nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 5 Thông tư 219/2013/TT-BTC; Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ toàn bộ theo hướng dẫn tại khoản 11 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên.
Các nội dung khác tại văn bản số 75/2014/CV-VASEP của Hiệp hội (nội dung về thuế nhà thầu và hoàn thuế kèm theo báo cáo hàng tồn kho), Tổng cục Thuế sẽ có ý kiến trả lời Hiệp hội sau.