Theo đó, hướng dẫn xử lý 9 tồn tại phát sinh khi thực hiện hóa đơn điện tử có xác thực đối với chi nhánh FRT Hà Nội cũng như những cơ quan thuế và doanh nghiệp liên quan khác, đơn cử như:
- Hóa đơn điện tử gửi lên hệ thống cấp mã bị đẩy ngược ngày tháng thì cơ quan thuế sẽ kiểm tra tình hình kê khai, nếu hóa đơn gắn với nghiệp vụ kinh tế phát sinh và đã cam kết kê khai đúng ngày thì được chấp nhận.
- Khi xuất hóa đơn có MST người mua ngừng hoạt động thì cơ quan thuế kiểm tra tình hình khai thuế của các hóa đơn này nếu đã gắn với giao dịch kinh tế phát sinh và đã thực hiện kê khai đầy đủ thì chấp nhận. (mục 5)
Đồng thời, Công văn 4915/TCT-DNL đề nghị doanh nghiệp phải khắc phục lỗi ứng dụng, hệ thống kịp thời để đảm bảo việc triển khai hóa đơn điện tử có xác thực theo đúng quy định, giảm thiểu phát sinh.