Về nội dung quy hoạch, theo vùng lãnh thổ, hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 gồm 6 nhóm cảng: Nhóm 1: nhóm cảng biển phía Bắc từ Quảng Ninh đến Ninh Bình; Nhóm 2: nhóm cảng biển Bắc Trung Bộ từ Thanh Hóa đến Hà Tĩnh; Nhóm 3: nhóm cảng biển Trung Trung Bộ từ Quảng Bình đến Quảng Ngãi; Nhóm 4: nhóm cảng biển Nam Trung Bộ từ Bình Định đến Bình Thuận; Nhóm 5: nhóm cảng biển Đông Nam Bộ (bao gồm cả Côn Đảo và trên sông Soài Rạp thuộc địa bàn tỉnh Long An); Nhóm 6: nhóm cảng biển đồng bằng sông Cửu Long (bao gồm cả Phú Quốc và các đảo Tây Nam).
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký ban hành. Quyết định này thay thế Quyết định số 2190/QĐ-TTg ngày 24/12/2009 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.