Thông tư này quy định trình tự, thủ tục chỉ định và quản lý hoạt động của tổ chức chứng nhận; đánh giá, chứng nhận; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong việc chứng nhận sản phẩm thủy sản, trồng trọt, chăn nuôi được sản xuất, sơ chế phù hợp với Quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt.
- Tổng cục Thuỷ sản là cơ quan chỉ định và giám sát hoạt động tổ chức chứng nhận VietGAP lĩnh vực thuỷ sản.
- Cục Trồng trọt là cơ quan chỉ định và giám sát hoạt động tổ chức chứng nhận VietGAP lĩnh vực trồng trọt.
- Cục Chăn nuôi là cơ cơ quan chỉ định và giám sát hoạt động tổ chức chứng nhận VietGAP lĩnh vực chăn nuôi.
Về trình tự chỉ định tổ chức chứng nhận VietGAP, Điều 8 của thông tư quy định: Tổ chức đăng ký hoạt động chứng nhận VietGAP chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định tại Điều 7 của Thông tư này. Tổ chức đăng ký hoạt động chứng nhận VietGAP nộp hồ sơ trực tiếp hoặc qua đường bưu điện về cơ quan chỉ định quy định tại Điều 4 của Thông tư này.
Cơ quan chỉ định tiếp nhận hồ sơ, xem xét và hướng dẫn bổ sung hoàn thiện hồ sơ (trong trường hợp hồ sơ nộp trực tiếp) hoặc trong vòng 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ (trong trường hợp tiếp nhận hồ sơ thông qua đường bưu điện).