Thông tư này hướng dẫn thực hiện quản lý nhiệm vụ khoa học công nghệ (sau đây viết tắt là KHCN), quản lý tài chính của nhiệm vụ KHCN và công tác tổ chức cán bộ của các tổ chức KHCN công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Thông tư này không áp dụng đối với các nhiệm vụ KHCN thực hiện theo Thông tư Liên tịch số 66/2012/TTLT-BNNPTNT-BTC-BKHCN ngày 28 tháng 12 năm 2012 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn - Bộ Tài chính - Bộ Khoa học và Công nghệ hướng dẫn thực hiện một số điều Quyết định 846/QĐ-TTg ngày 02 tháng 6 năm 2011 của Thủ tướng Chính phủ về việc thí điểm đặt hàng một số sản phẩm KHCN của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Thông tư này áp dụng đối với các tổ chức KHCN công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bao gồm các Viện xếp hạng đặc biệt, các Viện khác trực thuộc Bộ và các tổ chức, cá nhân thực hiện nhiệm vụ KHCN do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quản lý.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 06/12/2013 và thay thế Thông tư số 67/2010/TT-BNNPTNT ngày 17/11/2010 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của tổ chức khoa học công nghệ công lập thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.