Thông tư này quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan đối với hàng hoá XK, NK, quá cảnh; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh và quy định về thuế XK, thuế NK; quản lý thuế đối với hàng hoá XK, NK.
Trong đó, thông tư cũng quy định về các trường hợp được miễn thuế, giảm thuế, xét miễn giảm thuế và thủ tục kèm theo.
Các trường hợp được miễn thuế theo quy định của Thông tư mới gồm: hàng hóa tạm nhập, tái xuất để dự hội nghị, triển lãm, khám chữa bệnh,...; hàng hóa của tổ chức, cá nhân mang vào Việt Nam hoặc mang ra nước ngoài trong mức quy định; Hàng hoá XK, NK của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ ngoại giao tại Việt Nam; Hàng XK, NK để gia công theo quy định; Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới; Hàng NK để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư vào lĩnh vực được ưu đãi về thuế NK; Hàng hoá NK để phục vụ hoạt động dầu khí ; Hàng hoá của cơ sở đóng tàu được miễn thuế XK; Nguyên liệu, vật tư NK phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất sản phẩm phần mềm mà trong nước chưa sản xuất được ; hàng hoá NK để sử dụng trực tiếp vào hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ ; Máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải NK vào Việt Nam theo phương thức tạm nhập, tái xuất để thực hiện dự án ODA….
Các loại hàng hóa XK, NK trong các trường hợp sau đây được xét miễn thuế XNK: hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho an ninh, quốc phòng; hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho nghiên cứu khoa học; hàng chuyên dùng trực tiếp phục vụ cho giáo dục, đào tạo; hàng hoá XK, NK làm quà biếu, quà tặng, hàng mẫu….
Các loại hàng hóa được xét giảm thuế là hàng hoá XK, NK đang trong quá trình giám sát của cơ quan hải quan, nếu bị hư hỏng, mất mát được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền giám định chứng nhận thì được xét giảm thuế tương ứng với tỷ lệ tổn thất thực tế của hàng hoá.
Thông tư quy định cụ thể về các trường hợp được hoàn thuế, gồm: Hàng hoá NK đã nộp thuế NK nhưng còn lưu kho, lưu bãi tại cửa khẩu và đang chịu sự giám sát của cơ quan hải quan, được tái xuất ra nước ngoài; Hàng hoá XK, NK đã nộp thuế XK, thuế NK nhưng thực tế không XK, NK; Hàng hoá đã nộp thuế XK, thuế NK nhưng thực tế XK hoặc NK ít hơn; Hàng hoá NK để giao, bán hàng cho nước ngoài thông qua các đại lý tại VN; hàng hóa NK để bán cho tàu biển quốc tế qua cảng Việt Nam; hàng hoá NK đã nộp thuế NK để sản xuất hàng hoá XK ra nước ngoài hoặc xuất vào khu phi thuế quan được hoàn thuế nhập.
Thông tư cũng quy định về tiền chậm nộp, nộp dần tiền thuế nợ, gia hạn nộp tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt; xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/11/2013. Các Thông tư và các nội dung Thông tư, hướng dẫn về nội dung trên do Bộ Tài chính ban hành trước ngày 1/11/2013 không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư đều được bãi bỏ.