Thông tư này gồm 5 chương, 15 điều và 5 phụ lục hướng dẫn thực hiện việc kiểm tra điều kiện nuôi, cấp mã số nhận diện cơ sở nuôi và xác nhận đăng ký nuôi cá Tra thương phẩm; kiểm tra chất lượng, an toàn thực phẩm trong chế biến, xuất khẩu sản phẩm cá Tra; xác nhận hợp đồng xuất khẩu sản phẩm cá Tra. Theo đó, Thông tư này có một số điểm đáng lưu ý, cụ thể như sau:
Sản phẩm cá Tra phi lê đông lạnh lưu kho có tỷ lệ mạ băng không được vượt quá 10% và hàm lượng nước không được vượt quá 83% so với khối lượng tịnh của sản phẩm vẫn được tiếp tục xuất khẩu đến ngày 31/12/2014 nếu đáp ứng yêu cầu về chất lượng, an toàn thực phẩm của nước nhập khẩu nhưng thương nhân xuất khẩu và Cơ sở chế biến thủy sản phải thực hiện thống kê, báo cáo theo hướng dẫn của Cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thủy sản (NAFIQAD).
Từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành đến ngày 31/5/2015, hồ sơ đăng ký hợp đồng xuất khẩu sản phẩm cá Tra được thực hiện theo quy định tại điểm a (Giấy đăng ký hợp đồng xuất khẩu sản phẩm cá tra), d (Bản sao hợp pháp Giấy chứng nhận cơ sở chế biến thủy sản đủ điều kiện an toàn thực phẩm bao gồm cả trường hợp thương nhân mua cá tra thương phẩm hoặc gia công, chế biến cá tra thương phẩm tại cơ sở chế biến khác, đ (Bản sao hợp pháp Hợp đồng mua cá tra thương phẩm hoặc hợp đồng gia công, chế biến sản phẩm cá tra với cơ sở chế biến cá tra đáp ứng các điều kiện quy định tại Điều 5 Nghị định 36/2014/NĐ-CP áp dụng với thương nhân không có cơ sở chế biến sản phẩm cá tra) khoản 3 Điều 8 Nghị định số 36/2014/NĐ-CP.
Từ ngày 01/6/2015, các thương nhân khi đăng ký hợp đồng xuất khẩu sản phẩm cá Tra phải nộp hồ sơ trong đó kèm thêm Bản sao hợp pháp Giấy đăng ký nuôi cá tra thương phẩm được cơ quan quản lý nuôi trồng thủy sản địa phương xác nhận (áp dụng đối với trường hợp thương nhân sử dụng cá tra thương phẩm từ các cơ sở nuôi cá tra thương phẩm thuộc quyền sở hữu, quản lý của mình) và Bản sao hợp pháp hợp đồng mua cá tra nguyên liệu với tổ chức, cá nhân có cơ sở nuôi cá tra thương phẩm đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 4 Nghị định 36/2014/NĐ-CP (áp dụng đối với trường hợp thương nhân sử dụng cá tra thương phẩm mua từ các cơ sở nuôi cá tra thương phẩm không thuộc quyền sở hữu, quản lý của mình).
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 12/9/2014. Các văn bản được dẫn chiếu để áp dụng tại Thông tư này khi có sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì được dẫn chiếu áp dụng theo văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế đó.