Theo đó, đối tượng thủy sản nuôi được giám sát là đối tượng có sản lượng thương phẩm lớn, giá trị kinh tế cao và phù hợp với định hướng quy hoạch phát triển đối tượng thủy sản nuôi của địa phương và cả nước. Thông tư quy định rõ về biện pháp xử lý khi phát hiện dư lượng vượt mức giới hạn tối đa cho phép. Đối với mẫu vi phạm là thủy sản đang nuôi, chưa đạt kích cỡ thương phẩm thì Cơ quan giám sát có văn bản cảnh báo, yêu cầu cơ sở xác định nguyên nhân và biện pháp khắc phục phù hợp.

Đối với mẫu vi phạm là thủy sản đang nuôi, đạt kích cỡ thương phẩm, cơ quan giám sát có văn bản tạm dừng thu hoạch, yêu cầu cơ sở nuôi xác định nguyên nhân và thực hiện biện pháp khắc phục phù hợp; lấy mẫu thủy sản nuôi để giám sát tăng cường. Khi kết quả kiểm nghiệm mẫu giám sát tăng cường đạt yêu cầu, Cơ sở giám sát có văn bản cho phép cơ sở thu hoạch.

Đối với thủy sản có dư lượng các chất đào thải chậm thì cơ quan giám sát cho phép thu hoạch làm thực phẩm khi đáp ứng các yêu cầu cụ thể của thị trường tiêu thụ hoặc chuyển mục đích sử dụng.

Trường hợp cơ sở nuôi đã thu hoạch trước khi có cảnh báo, cơ quan giám sát tiến hành truy xuất và thu hồi lô sản phẩm thủy sản nuôi vi phạm, lấy mẫu kiểm nghiệm để thẩm tra và chỉ cho phép đưa ra thị trường tiêu thụ nếu kết quả kiểm nghiệm đạt yêu cầu.

Thông tư này có hiệu lực thi hành từ 19/11/2015.