Theo đó, nhiệm vụ và quyền hạn của Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư gồm:
1. Xây dựng, trình Bộ trưởng dự thảo các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, chính sách, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án, nhiệm vụ, tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy định kỹ thuật, định mức kinh tế - kỹ thuật, đơn giả sản phẩm về thủy sản và kiểm ngư thuộc phạm vì quản lý; hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
2. Hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ thuộc chuyên ngành, lĩnh vực được giao quản lý.
3. Tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật Việt Nam, pháp luật quốc tế, pháp luật các nước có liên quan trong lĩnh vực thủy sản, kiểm ngư. Tham gia bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán của Việt Nam trên các vùng biển theo quy định của pháp luật.
4. Bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản
5. Quản lý nuôi trồng thuỷ sản
6. Quản lý giống thuỷ sản, thức ăn thuỷ sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi thuỷ sản
7. Phòng, chống dịch bệnh trong hoạt động thuỷ sản
8. Quản lý khai thác thuỷ sản
9. Quản lý tàu cá, tàu công vụ thuỷ sản, cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá
10. Tuần tra, kiểm tra, kiểm soát và xử lý vi phạm pháp luật trong hoạt động kiểm ngư
11. Kỹ thuật, hậu cần kiểm ngư
12. Đảm bảo chấp hành phát luật về thuỷ sản, kiểm ngư
13. Giúp Bộ trưởng thường trực Ban chỉ đạo quốc gia về chống khai thác thuỷ sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (IUU) ; đầu mối tổ chức thực hiện việc chống khai thác thuỷ sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định.
14. Tham gia công tác phòng, chống thiên tai chuyên ngành thủy sản; điều động lực lượng phối hợp tìm kiếm cứu hộ, cứu nạn theo quy định của pháp luật.
15. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước về duy tu, bảo trì công trình kết cấu hạ tầng thủy sản, cung cấp dịch vụ hậu cần và phương tiện hoạt động nghề cá; quản lý dự án đầu tư chuyên ngành thuộc lĩnh vực thủy sản, kiểm ngư theo phân công, phân cấp của Bộ trưởng.
16. Thực hiện các nhiệm vụ hợp tác quốc tế và hội nhập kinh tế quốc tế thuộc chức năng, nhiệm vụ của Cục theo quy định của pháp luật và phân công, phân cấp của Bộ trưởng.
17. Bảo vệ môi trường trong hoạt động thuỷ sản
18. Đa dạng sinh học trong hệ sinh thái thuỷ sinh
19. Phát triển thị trường thuỷ sản
20. Chế biến và thương mại thuỷ sản
21. Thực hiện việc cấp, thu hồi giấy chứng nhận đăng ký hoạt động thửnghiệm, kiểm định, giảm định và chứng nhận; chỉ định tổ chức thử nghiệm, kiểm định, giám định và chứng nhận lĩnh vực thủy sản thuộc phạm vi quản lý của Cục.
22. Thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước đối với máy, thiết bị, vật tư, chất có yêu cầu nghiêm ngặt về an toàn, vệ sinh lao động liên quan đến nuôi trồng thủy sản, giống thủy sản, thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản và khai thác thủy sản, tàu cá, cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá.
23. Tổ chức tập huấn, bồi dưỡng, huấn luyện chuyên môn, nghiệp vụ về chuyên ngành lĩnh vực thủy sản, kiểm ngư, bồi dưỡng, cấp giấy chứng nhận về quản lý nghề cá tại vùng biển quốc tế cho thuyền viên tàu cá đi khai thác tại vùng biển quốc tế; bồi dưỡng, cấp, cấp lại, thu hồi thẻ đăng kiểm viên tàu cá; tổ chức cấp thẻ kiểm ngư theo quy định.
24. Tổ chức xây dựng và phát triển lực lượng kiểm ngư theo quy định của pháp luật. Xây dựng hệ thống cộng tác viên cung cấp thông tin nghề cá, hỗ trợ hoạt động của kiếm ngư.
25. Xây dựng quy chế, kế hoạch phối hợp trong cung cấp, trao đổi thông tin; tuần tra, kiểm tra, kiểm soát trên biển; phát hiện, xử lý các hành vi vi phạm pháp luật.
26. Quản lý tổ chức, hoạt động dịch vụ công
27. Thực hiện nghiên cứu khoa học, chuyển giao, ứng dụng khoa học công nghệ, quản lý các nhiệm vụ, chương trình, đề tài, đề án, dự án; các nhiệm vụ về kinh tế hợp tác, nông thôn mới, kinh tế tuần hoàn, tăng trưởng xanh thuộc lĩnh vực phụ trách, theo phân công, phân cấp của Bộ và quy định của pháp luật.
28. Tổ chức thực hiện công tác thống kê; xây dựng, quản lý, vận hành, khai thác cơ sở dữ liệu quốc gia về thủy sản, kiểm ngư; hệ thống thông tin chuyên ngành thuỷ sản, hệ thống giám sát tàu cá; hệ thống thông tin chỉ huy điều hành kiểm ngư, chống khai thác thuỷ sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định và các cơ sở dữ liệu thuộc phạm vi quản lý của Cục.
29. Hướng dẫn, kiểm tra đối với hoạt động của các hội, hiệp hội trong lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục; tham gia ý kiến về công nhận ban vận động thành lập hội và điều lệ hội thuộc chuyên ngành được giao quản lý theo quy định và phân công của Bộ trưởng.
30. Thực hiện tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và xử lý các hành vi vi phạm pháp luật theo quy định và phân công của Bộ trưởng.
31. Tổ chức thực hiện cải cách hành chính, thực hành tiết kiệm, phòng, chống lãng phí và thực hiện nhiệm vụ phòng, chống tham nhũng thuộc phạm vi quản lý của Cục theo chương trình, kế hoạch của Bộ.
32. Quản lý tài chính, kế toán, tài sản thuộc Cục; thực hiện trách nhiệm của đơn vị dự toán đối với các đơn vị trực thuộc Cục theo quy định của pháp luật.
33. Quản lý tổ chức, biên chế, vị trí việc làm; công chức, viên chức, người lao động thuộc Cục theo quy định của pháp luật và theo phân công của Bộ trưởng.
34. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định và do Bộ trưởng phân công.
