Trở thành thành viên của ASEAN từ năm 1995, bắt đầu thực hiện Hiệp định ưu đãi thuế quan có hiệu lực chung (CEPT) nhằm thiết lập AFTA từ năm 1996 nhưng Việt Nam chỉ thực sự cắt giảm thuế quan từ năm 1999 khi nhóm các mặt hàng đầu tiên từ Danh mục loại trừ tạm thời (TEL) được chuyển vào cắt giảm thuế quan theo CEPT. Theo quy định của Hiệp định CEPT, các mặt hàng của Việt Nam được chia thành 2 nhóm chính:
Nhóm các mặt hàng cắt giảm và xoá bỏ thuế quan: chiếm hầu hết các mặt hàng, có lộ trình giảm thuế từ năm 1996, giảm thuế suất xuống mức 0-5% vào năm 2006 và xoá bỏ thuế quan vào năm 2015, với một số mặt hàng được linh hoạt đến 2018. Ngoài ra, các mặt hàng công nghệ thông tin (phù hợp với diện mặt hàng của WTO) sẽ được xoá bỏ thuế quan trong 3 năm: 2008-2010. Đồng thời các mặt hàng thuộc lĩnh vực ưu tiên hội nhập (12 lĩnh vực) sẽ được xoá bỏ sớm hơn là vào năm 2012 (thay vì 2015), trong đó có 9 lĩnh vực hàng hoá gồm: gỗ và sản phẩm gỗ, ôtô, cao su, dệt may, sản phẩm nông nghiệp, thuỷ sản, điện tử, công nghệ thông tin, y tế (thiết bị, thuốc men).
Nhóm hàng nông sản nhạy cảm: gồm 89 dòng thuế là các mặt hàng nông sản chưa chế biến, gồm một số loại gạo, hoa quả, thực phẩm, đường. Những mặt hàng này không phải xoá bỏ thuế quan, có lộ trình giảm thuế từ năm 2004 xuống mức thuế suất cao nhất là 5% vào năm 2013 (trừ mặt hàng đường là 2010).
Để bảo vệ sức khỏe con người, môi trường, giá trị văn hóa, đạo đức hay an ninh, quốc phòng, các nước được phép loại trừ (không phải cắt giảm thuế) những mặt hàng vì mục đích này. Trên cơ sở đó, mỗi nước đã tự xây dựng một Danh mục các mặt hàng để loại trừ khỏi phạm vi thực hiện CEPT (GEL) và đã đưa vào đó những mặt hàng mang tính bảo hộ. Chính vì vậy, trong vài năm gần đây, các nước đã ráo riết rà soát danh mục GEL để đưa vào cắt giảm thuế những mặt hàng không phù hợp. Từ năm 2005 đến nay, Việt Nam đã đưa nhiều mặt hàng GEL vào thực hiện CEPT, trong đó quan trọng nhất là các thiết bị truyền phát (rađa, điện thoại di động…), đồ uống có cồn (rượu, bia) và ô tô, xe máy. Danh mục GEL hiện nay của Việt Nam vẫn còn các mặt hàng mà các nước ASEAN cho là không phù hợp, gồm: thuốc lá (thuốc lá điếu và nguyên liệu), xăng dầu.
Nhằm tiến tới tự do hóa hoàn toàn (ít nhất là về mặt thuế quan), ASEAN đã quyết định không chỉ dừng lại ở việc giảm thuế xuống 0-5% mà sẽ xóa bỏ thuế quan vào năm 2010 đối với ASEAN 6 (gồm Brunei, Indonesia, Malaysia, Philipin, Singapore và Thái Lan) và năm 2015 với một số linh hoạt đến 2018 (7% tổng số dòng thuế) đối với CLMV. Như vậy, với Việt Nam, đến năm 2015, cơ bản các mặt hàng sẽ được xóa bỏ thuế quan trong khuôn khổ này.