1. Về kiến nghị thiết lập cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra
Nội dung kiến nghị: "Thiết lập cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra; không kiểm tra lặp lại cùng nội dung, thời kỳ và hồ sơ nếu không có chứng cứ mới".
Nội dung trả lời: Căn cứ điểm d khoản 1, khoản 6 và điểm c khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 cùng các văn bản hướng dẫn thi hành, việc kiểm tra thuế được thực hiện theo nguyên tắc không trùng lặp về nội dung, phạm vi và thời gian giữa các cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước (trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại). Đồng thời, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế không quá 01 lần trong 01 năm đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề và các trường hợp tổ chức lại doanh nghiệp (chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, giải thể, phá sản, chuyển đổi loại hình, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh).
2. Về kiến nghị nguyên tắc chuyển tiếp và thời điểm áp dụng khi thay đổi hướng dẫn
Nội dung kiến nghị: "Mọi hướng dẫn thay đổi cách hiểu phải nêu rõ thời điểm áp dụng và nguyên tắc chuyển tiếp;.
Nội dung trả lời: Các quy định về thuế và hóa đơn được ban hành tại các Luật, Nghị định, Thông tư quy định chi tiết và được áp dụng theo hiệu lực của văn bản cũng như quy định chuyển tiếp (nếu có), áp dụng chung cho tất cả các đối tượng chịu tác động. Trường hợp trong quá trình thực hiện phát sinh vướng mắc thực tế được VASEP hoặc doanh nghiệp phản ánh, Bộ Tài chính và cơ quan thuế sẽ tổng hợp, báo cáo cấp có thẩm quyền để ban hành văn bản hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc.
3. Về kiến nghị ban hành hướng dẫn liên ngành Thuế – Hải quan – Chuyên ngành thủy sản
Nội dung kiến nghị: "Đối với các vấn đề liên quan đồng thời Thuế – Hải quan – chuyên ngành thủy sản, ban hành kết luận/hướng dẫn liên ngành để doanh nghiệp không phải thực hiện theo các cách hiểu khác nhau".
Nội dung trả lời: Đối với các vướng mắc cụ thể về chính sách thuế và hóa đơn được VASEP nêu tại Công văn số 152/CV-VASEP, Cục Thuế đã ban hành Công văn số 7998/CT-QLNT ngày 23/10/2026 để trả lời và hướng dẫn chi tiết cho Hiệp hội.
4. Về kiến nghị xây dựng bộ tình huống chuẩn áp dụng toàn quốc
Nội dung kiến nghị: "Xây dựng bộ tình huống chuẩn áp dụng toàn quốc đối với các vấn đề có tần suất cao của ngành thủy sản: hoàn GTGT; sơ chế/chế biến; gia công; phụ phẩm; tỷ giá/hóa đơn xuất khẩu; hàng trả về; chênh lệch khối lượng".
Nội dung trả lời: Thời gian qua, cơ quan thuế các cấp đã phát hành nhiều ấn phẩm tuyên truyền, phổ biến các quy định mới về chính sách và quản lý thuế đến người nộp thuế. Đối với các vướng mắc mang tính đặc thù của doanh nghiệp thủy sản, Cục Thuế đề nghị VASEP tổng hợp thành văn bản nêu rõ nội dung chi tiết để cơ quan thuế các cấp nghiên cứu, xem xét và có hướng dẫn cụ thể.