Văn bản này hướng dẫn chỉ đạo quán triệt bảo đảm giải quyết hoàn thuế đúng đối tượng, đúng số tiền, kịp thời theo quy định, tháo gỡ khó khăn về dòng tiền cho doanh nghiệp và kiểm soát chặt chẽ các hành vi gian lận hóa đơn.
1. Nguyên tắc sử dụng thông tin rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế:
- Phân biệt rõ các nhóm thông tin: Cơ quan thuế phải phân biệt rõ giữa ba nhóm gồm thông tin, cảnh báo rủi ro; kết quả Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro; và kết quả kiểm tra, xác minh xác định người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm.
- Bản chất của thông tin cảnh báo rủi ro: Thông tin cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng là dữ liệu đầu vào phục vụ đánh giá, rà soát; không đồng nghĩa với việc giao dịch mua hàng không có thật, hóa đơn không hợp pháp hay số thuế GTGT không đủ điều kiện hoàn.
- Tự động hóa phân loại hồ sơ: Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế và xác định số tiền có rủi ro được thực hiện tự động trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo quy định tại Điều 48, Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC và tiêu chí quản lý rủi ro.
- Căn cứ dừng hoàn hoặc thu hồi thuế: Chỉ khi qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền có đủ căn cứ xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không phát sinh thực tế, hoặc người nộp thuế vi phạm thì cơ quan thuế mới thực hiện không hoàn, thu hồi tiền thuế đã hoàn và xử lý theo quy định.
2. Xử lý trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ có rủi ro:
- Chuyển riêng phần tiền rủi ro sang kiểm tra trước hoàn: Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, nếu Hệ thống xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro, cơ quan thuế sẽ thông báo chuyển riêng phần tiền đó sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.
- Tiếp tục giải quyết hoàn đối với phần tiền đủ điều kiện: Phần số tiền còn lại đủ điều kiện tiếp tục được giải quyết hoàn thuế theo đúng trình tự, thời hạn của hồ sơ hoàn thuế trước.
- Bảo đảm dòng tiền cho doanh nghiệp: Việc một phần số tiền có rủi ro không làm dừng xử lý toàn bộ tổng số tiền đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
3. Xử lý khi người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro:
- Thông tin rủi ro chuỗi cung ứng chỉ là dữ liệu đánh giá: Trường hợp người bán, nhà cung cấp cấp hai hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, bỏ địa chỉ kinh doanh, giải thể hoặc phá sản thì đây chỉ là thông tin để cơ quan thuế thu thập, đánh giá và xác minh.
- Không quy kết vi phạm cho doanh nghiệp mua hàng: Thông tin rủi ro của chủ thể khác không phải là căn cứ để cơ quan thuế kết luận doanh nghiệp mua hàng vi phạm hoặc không đáp ứng điều kiện hoàn thuế.
- Không thu hồi thuế vô lý: Cơ quan thuế không thu hồi tiền thuế đã hoàn chỉ vì người bán hoặc chủ thể khác trong chuỗi về sau mới phát sinh cảnh báo rủi ro hay giải thể, chấm dứt hoạt động.
4. Trách nhiệm tổ chức thực hiện của cơ quan thuế:
- Trưởng Thuế tỉnh, thành phố: Trực tiếp chỉ đạo, kiểm tra, giám sát thực hiện thống nhất các nội dung tại Công văn; chỉ đạo rà soát các hồ sơ hoàn thuế tồn đọng, kéo dài liên quan đến một phần số tiền có rủi ro hoặc thông tin cảnh báo rủi ro người bán để xử lý đúng quy định, không để phần số tiền đủ điều kiện giải quyết bị kéo dài.
- Trưởng Thuế cơ sở: Tổ chức giải quyết hồ sơ theo đúng kết quả phân loại; phân công công chức thực hiện, theo dõi thời hạn giải quyết; kịp thời tổng hợp, báo cáo các vướng mắc vượt thẩm quyền.
- Công chức trực tiếp xử lý hồ sơ: Thực hiện theo kết quả phân loại trên Hệ thống thông tin quản lý thuế; không tự suy diễn từ cảnh báo rủi ro của người bán để thay đổi kết quả phân loại; yêu cầu người nộp thuế giải trình đúng phạm vi rủi ro.
5. Tiếp nhận, xử lý vướng mắc và hỗ trợ người nộp thuế:
- Công khai tài liệu hướng dẫn: Thuế tỉnh, thành phố tổ chức tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế thống nhất theo tài liệu "Hướng dẫn một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng" do Cục Thuế công khai.
- Bảo mật tiêu chí quản lý rủi ro nội bộ: Cơ quan thuế không công khai tiêu chí, công thức chấm điểm quản lý rủi ro và các thông tin thuộc phạm vi nghiệp vụ nội bộ.
- Chủ động hỗ trợ doanh nghiệp: Khi gặp vướng mắc, doanh nghiệp cần chủ động liên hệ cơ quan thuế để được hướng dẫn, hỗ trợ và giải quyết kịp thời hồ sơ hoàn thuế.