1. Về xác định sản phẩm sơ chế và chế biến thủy sản trong áp dụng thuế GTGT và TNDN:
Nội dung kiến nghị: "Theo phản ánh của doanh nghiệp, cách xác định “sơ chế” và “chế biến” thủy sản trong áp dụng thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) không đồng nhất, có trường hợp áp dụng nhầm lẫn giữa cách xác định của hai sắc thuế. Có trường hợp cùng một quy trình sơ chế, chế biến sản phẩm nhưng cơ quan địa phương có kết luận khác tại mỗi kỳ kiểm tra vì lý do doanh nghiệp không sở hữu nguyên liệu. Hiệp hội kiến nghị ban hành hướng dẫn thống nhất, bao gồm bộ tiêu chí riêng trong xác định sản phẩm sơ chế và sản phẩm chế biến đối với từng lĩnh vực thuế GTGT và thuế TNDN và phụ lục hướng dẫn theo quy trình sản xuất thực tế kèm theo ví dụ minh hoạ đối với từng trường hợp áp dụng thuế GTGT và thuế TNDN."
Nội dung trả lời:
Chính sách thuế GTGT: Sản phẩm thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường do tự sản xuất, đánh bắt bán ra hoặc nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Khi mua bán thương mại giữa các doanh nghiệp, hợp tác xã thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ thuế đầu vào; khi bán cho đối tượng khác áp dụng thuế suất 5%. Sản phẩm đã qua chế biến thành sản phẩm khác áp dụng thuế suất 10%. Danh mục các hình thức sơ chế thông thường đã quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP; trường hợp vướng mắc không xác định được thuộc dạng sơ chế hay chế biến, doanh nghiệp liên hệ Bộ Nông nghiệp và Môi trường để được hướng dẫn căn cứ theo quy trình thực tế.
Chính sách thuế TNDN: Doanh nghiệp được miễn thuế TNDN đối với thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản (bao gồm cả trường hợp mua về chế biến hoặc thuê gia công) theo Điều 4, Điều 13 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 và Điều 4, Điều 18 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP. Việc xác định ưu đãi thuế TNDN căn cứ đồng thời vào các điều kiện đặc thù quy định trong văn bản pháp luật về thuế, không chỉ dựa vào mã ngành kinh tế.
2. Về phân loại và chính sách thuế áp dụng đối với bột cá, mỡ cá và phụ phẩm thủy sản:
Nội dung kiến nghị: "Theo phản ánh của doanh nghiệp, bột cá, mỡ cá và sản phẩm từ phụ phẩm thủy sản có nơi được xếp vào nhóm 1020, nơi khác xếp vào nhóm 1080 theo công dụng làm thức ăn chăn nuôi. Theo Quyết định số 36/2025/QĐ-TTg, ngành 1020 đã bao gồm sản xuất thức ăn cho người hoặc súc vật từ cá và sản xuất thức ăn từ thủy sản không dùng cho người, trong khi sản xuất dầu mỡ từ nguyên liệu thủy sản thuộc nhóm 10401 và súp cá thuộc nhóm 10790. Hiệp hội cho rằng việc phân loại cần dựa vào bản chất sản phẩm và quy trình cụ thể, không chỉ dựa vào tên gọi chung “phụ phẩm” hay đối tượng mua hàng. Hiệp hội kiến nghị cần ban hành hướng dẫn rõ sự khác biệt giữa các nhóm 1020, 1001, 1090 và các nhóm liên quan; đồng thời nêu rõ chính sách thuế áp dụng."
Nội dung trả lời:
Chính sách thuế GTGT: Bột cá, mỡ cá và phụ phẩm thủy sản được xác định là thức ăn chăn nuôi theo pháp luật chăn nuôi và thủy sản thì thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT (khoản 3 Điều 5 Luật Thuế GTGT). Nếu không phải thức ăn chăn nuôi: trường hợp chưa chế biến/sơ chế thông thường do tự sản xuất/nhập khẩu thì không chịu thuế GTGT; ở khâu thương mại giữa các doanh nghiệp, hợp tác xã thì không phải kê khai, tính nộp thuế; bán cho người tiêu dùng cuối cùng chịu thuế suất 5%. Phế phẩm, phụ phẩm thu hồi áp dụng thuế suất tương ứng của mặt hàng đó.
Chính sách thuế TNDN: Áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với hoạt động chế biến nông, thủy sản theo địa bàn: Miễn thuế (địa bàn đặc biệt khó khăn), thuế suất 10% (địa bàn khó khăn), thuế suất 15% (địa bàn không thuộc vùng khó khăn). Riêng dự án đầu tư mới thuộc ngành sản xuất thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản được áp dụng thuế suất 17% trong 10 năm (miễn 2 năm, giảm 50% trong 4 năm tiếp theo). Việc áp dụng căn cứ trên cơ sở ngành nghề sản xuất kinh doanh và điều kiện thực tế của doanh nghiệp theo pháp luật thuế TNDN.