Văn bản thiết lập một hành lang pháp lý nghiêm ngặt đối với hoạt động bảo tồn tài nguyên thủy sinh, khai thác bền vững và quản lý chặt chẽ việc buôn bán, chế biến các loài thủy sản hoang dã nguy cấp. BNNMT quy định chi tiết các hoạt động nghiệp vụ cụ thể sau đây:
- Xử lý các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm bị khai thác không chủ ý: Thuyền trưởng và ngư dân trong quá trình khai thác nếu vô tình bắt gặp hoặc khai thác không chủ ý các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm có trách nhiệm ghi nhận đầy đủ thông tin vào nhật ký khai thác hoặc báo cáo khai thác, đồng thời đánh giá tình trạng sức khỏe của cá thể để xử lý kịp thời. Trường hợp cá thể còn sống khỏe mạnh thì tiến hành cứu hộ và thả ngay về môi trường tự nhiên; trường hợp bị thương cần thực hiện sơ cứu và thả hoặc mang về bờ bàn giao cho cơ sở bảo tồn đa dạng sinh học có chức năng cứu hộ. Nếu cá thể đã chết và không thể bảo quản để làm mẫu vật phục vụ nghiên cứu, giáo dục, Ủy ban nhân dân cấp xã có trách nhiệm phối hợp với cơ quan quản lý thủy sản cấp tỉnh tiến hành xử lý chôn cất hoặc tiêu hủy theo đúng quy định pháp luật về thú y, bảo vệ môi trường và kiểm dịch động vật.
- Quy trình chế biến, kinh doanh và xuất nhập khẩu các loài thủy sản thuộc Phụ lục CITES và loài nguy cấp, quý, hiếm: Doanh nghiệp có hoạt động chế biến các loài thủy sản thuộc Phụ lục CITES hoặc loài nguy cấp, quý, hiếm bắt buộc phải chứng minh được nguồn gốc hợp pháp của nguyên liệu. Sản phẩm hoàn chỉnh trước khi lưu thông, bán ra thị trường phải được dán nhãn theo đúng quy định về nhãn hàng hóa và bảo đảm tuyệt đối các tiêu chuẩn về an toàn thực phẩm cũng như an toàn dịch bệnh. Khi thực hiện các thủ tục xuất cảnh, nhập cảnh, tái xuất khẩu, quá cảnh hoặc nhập nội từ biển các loài thuộc danh mục này, tổ chức, cá nhân phải tuân thủ nghiêm ngặt các điều kiện và thủ tục cấp phép theo quy định pháp luật về quản lý loài nguy cấp và thực thi Công ước CITES.
- Đồng quản lý trong bảo vệ nguồn lợi thủy sản và bảo tồn biển: Cơ chế giao quyền quản lý khu vực địa lý cho tổ chức cộng đồng thực hiện đồng quản lý yêu cầu hồ sơ chặt chẽ bao gồm đơn đề nghị, phương án bảo vệ và khai thác nguồn lợi thủy sản và quy chế hoạt động của tổ chức cộng đồng. Ủy ban nhân dân cấp tỉnh hoặc cấp xã (tùy thuộc vào phạm vi ranh giới được giao) có thẩm quyền ra quyết định công nhận và giao quyền quản lý cho tổ chức cộng đồng trong thời hạn quy định. Đối với việc thành lập hoặc điều chỉnh diện tích, ranh giới các khu bảo tồn biển cấp tỉnh, cơ quan thẩm quyền bắt buộc phải thực hiện quy trình lấy ý kiến của BNNMT, các sở ngành liên quan và tối thiểu 70% cộng đồng dân cư địa phương sinh sống trong hoặc xung quanh khu vực dự kiến bảo tồn.
- Hiệu lực thi hành và quy định chuyển tiếp: Các quy định chung về bảo vệ nguồn lợi thủy sản có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026 (theo Thông tư gốc 88/2025). Các điều khoản sửa đổi, bổ sung liên quan đến biểu mẫu đồng quản lý và rà soát ranh giới bảo tồn (theo Thông tư số 33/2026/TT-BNNMT) chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 19/9/2026. Đối với các hồ sơ đề nghị công nhận đồng quản lý đã được tiếp nhận trước ngày Thông tư này có hiệu lực mà chưa có kết quả giải quyết thì tiếp tục thực hiện theo pháp luật tại thời điểm tiếp nhận, trừ trường hợp tổ chức có yêu cầu áp dụng theo quy định mới.