Hiệp định Thương mại tự do với EU ngoài kỳ vọng cắt giảm các loại thuế quan vào EU, hy vọng sẽ là cơ hội hạn chế khối quốc gia này áp dụng các hàng rào phi thuế quan đối với các sản phẩm của Việt Nam. Rào cản phi thuế quan lớn nhất ảnh hưởng đến xuất khẩu của Việt Nam sang EU liên quan đến việc sử dụng các công cụ phòng vệ thương mại của EU, chủ yếu là chống bán phá giá cũng như các biện pháp kiểm dịch động thực vật (SPS) và các rào cản kỹ thuật (TBT).
Liên quan đến các biện pháp phòng vệ, không chắc là các đề xuất đàm phán của EU về các công cụ phòng vệ thương mại liên quan tới chống bán phá giá và các hành động đối kháng, trong bối cảnh đàm phán FTA hiện tại, sẽ bao gồm các điều khoản nâng cao hợp tác và thiết lập các nghĩa vụ “WTO-cộng” hay chỉ đơn giản quy định yêu cầu thông báo bắt buộc và các quyền và nghĩa vụ của các bên liên quan theo các hiệp định WTO. EU ít khả năng sẽ nhượng bộ các vấn đề thuế chống bán phá giá và thuế đối kháng đối với Việt Nam và FTA có thể không có tác động quan trọng nào trong việc ngừng sử dụng các biện pháp chống bán phá giá và đối kháng của EU – ngược lại, FTA có thể đặt ra những yêu cầu chăt chẽ hơn đối với Việt Nam trong vấn đề bán phá giá, trợ cấp và sử dụng các công cụ phòng vệ thương mại – trừ khi trong khuôn khổ đàm phán FTA, EU công nhận Việt Nam là nền kinh tế thị trường trước thời hạn của WTO. Tương tự, việc công nhận ngay lập tức quy chế nền kinh tế thị trường phải được coi là ưu tiên đàm phán của Việt Nam trong FTA với EU. Tuy nhiên, nếu Việt Nam không đạt được sự công nhận này, Việt Nam nên đàm phán với EU về khung thời gian thích hợp cho việc công nhận này và phải đảm bảo thời hạn này tương ứng với thời hạn mà Trung Quốc sẽ được xem là nền kinh tế thị trường theo WTO.
Về các biện pháp SPS và TBT, có lẽ việc đàm phán để giảm các rào cản SPS và TBT sẽ không xảy ra. Thậm chí sau khi đưa ra chiến lược “Châu Âu toàn cầu”, chính sách của EU vẫn không đổi: vẫn nhằm mục đích giải quyết các rào cản phi thuế nhưng phải có lợi cho các nhà xuất khẩu EU. Nhiều khả năng FTA giữa EU và Việt Nam sẽ đưa ra khung hỗ trợ kỹ thuật, thỏa luận và hợp tác hơn nữa về vấn đề SPS và TBT. Cần phải nhấn mạnh tầm quan trọng của đàm phán các điều khoản hợp tác toàn diện. Về vấn đề này, hiệp định EU đã ký kết với các nước ACP có thể là một chuẩn mực hữu ích trong mở rộng hợp tác về các vấn đề SPS và TBT mà Việt Nam mong muốn đạt được với EU. Trong các hiệp định này, hợp tác bao gồm cả đào tạo và hỗ trợ kỹ thuật, các biện pháp thúc đẩy chuyển giao tri thức và tăng cường các dịch vụ công. Việt Nam có thể xem xét yêu cầu EU các mức tương tự như những thỏa thuận các nước ACP đã đạt được và yêu cầu hỗ trợ kỹ thuật từ EU trong quá trình đàm phán.
Cuối cùng, để giảm chi phí tuân thủ yêu cầu SPS và TBT của EU, Việt Nam cần chủ động ký kết các thỏa thuận công nhận chung và thỏa thuận tương đương trong từng trường hợp cụ thể với EU. Dù rằng việc đạt được các thỏa thuận về các công cụ để thuận lợi hóa thương mại là rất phức tạp, đây vẫn là mục tiêu rõ ràng nhất của các FTA, vì vậy đây phải là vấn đề được ưu tiên trong các đàm phán FTA. Việc đạt được các thỏa thuận như vậy, đặc biệt trong những lĩnh vực mà hàng xuất khẩu của Việt Nam có cơ hội tiếp cận thực sự hoặc tiềm năng vào thị trường EU sẽ mang lại cho các nhà sản xuất, xuất khẩu và kinh doanh Việt Nam những lợi thế so sánh lớn và điều kiện ưu tiên tiếp cận thị trường, những lợi thế có thể tương đương hoặc thậm chí lớn hơn những nhượng bộ thuế quan trong FTA. Các công cụ thuận lợi hóa thương mại cũng mang đến cho Việt Nam cơ hội để trở thành trung tâm chế biến (ví dụ, như đã từng thấy, cơ hội để nhập khẩu thủy sản của nước thứ ba, ví dụ như các sản phẩm của Bangladesh, chế biến tại Việt Nam theo những tiêu chuẩn nghiêm ngặt của EU và tái xuất khẩu sang EU) và tận dụng khả năng tuân thủ các tiêu chuẩn liên quan của EU cũng như những ưu đãi FTA với EU.
Khi xuất khẩu của Việt Nam sang EU thường xuyên bị cản trở bởi sự áp đặt các biện pháp rào cản phi thuế của EU, Việt Nam cũng có thể xem xét việc đưa vào FTA với EU cơ chế giải quyết tranh chấp đặc biệt đối với rào cản phi thuế, ví dụ như “Cơ chế hòa giải liên quan đến các biện pháp phi thuế quan” trong chương 14 của FTA giữa EU và Hàn Quốc.