Các doanh nghiệp xuất khẩu cũng đang gặp vướng mắc và khó khăn liên quan đến thuế giá trị gia tăng. Luật thuế giá trị gia tăng có hiệu lực từ ngày mùng 01 tháng 7 vừa qua có những quy định đang trở thành nút thắt lớn đối với doanh nghiệp xuất khẩu nông lâm thủy sản. Quy định nộp thuế trước hoàn sau cùng nhiều yêu cầu chứng từ phức tạp đang khiến dòng tiền của doanh nghiệp bị kéo căng và chi phí vốn thì tăng mạnh.