Mùa mưa là thời điểm nhiều mầm bệnh phát sinh trong ao nuôi cá tra, chủ yếu do vi khuẩn như Vibrio, Aeromonas, Streptococcus và ký sinh trùng phát triển mạnh. Mưa lớn gây rửa trôi phèn, chất hữu cơ xuống ao làm giảm pH, bùng phát khí độc (NH₃, H₂S, NO₂), ảnh hưởng đến sức khỏe cá.

Tuyệt đối tuân thủ quy trình nuôi, mật độ thả nuôi, quy trình xử lý nước thải, chất thải và tăng cường chế độ dinh dưỡng nâng cao sức đề kháng cho cá. Sử dụng chế phẩm sinh học, men vi sinh, chế phẩm tăng cường chức năng của gan, thận, đường ruột cho cá.