Chất lượng con giống - khâu quan trọng của ngành hàng vẫn còn chưa đạt. Cá giống tỷ lệ sống thấp, dễ bị bệnh không còn theo mùa vụ. Ương dưỡng giống cá tra hiện nay, tỷ lệ hao hụt trên 90% và Cục Thủy sản đang đặt mục tiêu phấn đấu trong thời gian tới giảm xuống dưới 85%, tỷ lệ cá sống đạt 15- 20%.