Trong chuỗi giá trị sản phẩm nông nghiệp sơ chế hiện đang áp dụng 3 loại thuế suất thuế GTGT khác nhau tại mỗi khâu (sản xuất, sơ chế và thương mại bán ra). Khi áp dụng các quy định này đã vô hình trung làm tăng giá thành của sản phẩm.