Bỏ kê khai thuế GTGT với nông, lâm, thủy sản chưa chế biến

Chính phủ vừa ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT. Nghị định mới có hiệu lực từ ngày 1/1/2026, với nhiều nội dung điều chỉnh quan trọng liên quan đến chính sách thuế đối với lĩnh vực nông, lâm, thủy sản.

Một trong những điểm mới đáng chú ý là việc làm rõ cơ chế thuế GTGT đối với hoạt động kinh doanh thương mại giữa các doanh nghiệp đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế ở mức thông thường. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã khi mua các sản phẩm này và bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã khác sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Đáng chú ý, dù không phải kê khai, nộp thuế GTGT đầu ra, các tổ chức kinh tế vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định. Đây được xem là điểm tháo gỡ căn bản những vướng mắc phát sinh trong thực tiễn nhiều năm qua, khi doanh nghiệp vừa không được hoàn thuế, vừa gặp khó khăn trong hạch toán chi phí và quản lý dòng tiền.

Theo Bộ Tài chính, quy định này giúp bảo đảm tính liên thông của cơ chế khấu trừ thuế GTGT, đồng thời giảm đáng kể thủ tục hành chính, chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp hoạt động trong chuỗi sản xuất, thu mua, phân phối nông sản.

Bên cạnh trường hợp không phải kê khai, nộp thuế, Nghị định số 359/2025/NĐ-CP cũng quy định cụ thể cách áp dụng thuế GTGT trong từng tình huống nhằm thống nhất thực hiện. Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

Tuy nhiên, nếu các doanh nghiệp này bán sản phẩm cho hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác thì vẫn phải tính thuế GTGT theo mức thuế suất 5% theo quy định. Việc phân định rõ đối tượng mua bán giúp hạn chế tình trạng áp dụng sai chính sách thuế, giảm rủi ro pháp lý cho người nộp thuế.

Đối với hộ, cá nhân sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp và các tổ chức kinh tế khác nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, khi bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại, thuế GTGT phải nộp được xác định bằng 1% doanh thu. Quy định này tiếp tục được duy trì nhằm phù hợp với đặc thù của nhóm đối tượng nộp thuế theo phương pháp trực tiếp.

Một nội dung được cộng đồng doanh nghiệp đặc biệt quan tâm là việc Nghị định số 359/2025/NĐ-CP bãi bỏ một số quy định liên quan đến điều kiện hoàn thuế GTGT vốn được xem là “điểm nghẽn” trong thời gian qua. Cụ thể, Nghị định bãi bỏ quy định yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì người mua mới đủ điều kiện được hoàn thuế.

Theo quy định chuyển tiếp, đối với các hồ sơ hoàn thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 1/1/2026 nhưng chưa ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, cơ sở kinh doanh không còn phải đáp ứng điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT đối với các hóa đơn liên quan. Quy định này được đánh giá là giải quyết căn bản vướng mắc tồn tại trong thực tiễn hoàn thuế, nhất là với doanh nghiệp xuất khẩu nông sản.

Bộ Tài chính cho biết, việc sửa đổi, bổ sung các quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP nhằm bảo đảm phù hợp với Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT; đồng thời làm rõ ranh giới giữa đối tượng không chịu thuế, đối tượng chịu thuế suất 5%, đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế và đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp.