Theo đó, lệ phí cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấp phép khai thác thuỷ sản cho tàu cá Việt Nam là 40.000 đồng/lần; Lệ phí cấp mới, cấp đổi giấy phép do đổi nội dung trong giấp phép hoạt động thủy sản đối với tàu cá nước ngoài là 200 USD/lần.
Bên cạnh đó, phí thẩm định thiết kế đóng mới, cải hoán, sửa chữa phục hồi tàu cá là 5% giá thiết kế; Phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực thủy sản (thẩm định cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá) là 12.450.000 đồng/lần. Phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản được tính theo công thức: 150.000 đồng + (số tấn thủy sản x 15.000 đồng/tấn), tối đa 700.000 đồng/lần…
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 17/12/2021.